Durante más de 80 años la tumba del prócer, ubicada bajo tierra en la parte del atrio hacia el lado exterior del pórtico de Santo Domingo, había sido pisada por millares de feligreses que -indiferentes, algunos, ignorantes otros- no tenían en cuenta que bajo sus pies descansaba el general Manuel Belgrano. Ya en 1860 José Celedonio Balbín, amigo de Belgrano que lo acompañó hasta los últimos momentos, manifestaba su inquietud al respecto en una carta a Bartolomé Mitre: “se permite que su sepulcro sea pisoteado diariamente por los que entran y salen de la Iglesia…”
En 1894 -en el 74 aniversario de su muerte- el diario La Nación decía: “Tiempo será ya que la obra de reparación fuera terminada, dándose honrosa tumba a los despojos de una de la más puras glorias argentinas”, según idea del coronel Espora y de Diógenes Cortez, personal del diario.
Al año siguiente un grupo de estudiantes encabezados por Gabriel L. Souto tuvo la iniciativa de crear una comisión para “construir
por suscripción popular un mausoleo que guarde dignamente las veneradas cenizas del General Belgrano que aún no tiene un sepulcro digno de la consideración que merece su memoria”. Propendiendo a ello se reunieron en una de las salas del convento de Santo Domingo y en asamblea establecieron las bases de su proyecto el 10 de agosto de 1895. Al día siguiente, en el mismo lugar, se constituyó la Comisión de Honor integrada entre otros por Bartolomé Mitre, Vicente López, Bernardo de Irigoyen, Juan Agustín Boneo, Carlos Guido y Spano, entre otros.
Souto justificaba sus acciones: “No es justo ni lógico que su figura patricia esté modelada en el bronce inmortal que lo recuerda (mientras) sus despojos descansan todavía en la humilde tumba donde lo llevó su extrema pobreza y en la que ha permanecido largos años, tan olvidado que casi ni indicios existen de que allí hay un héroe de la Patria, su primer ciudadano”.
El país entero concurrió a dejar su aporte monetario a los fines de contribuir con la erección de un mausoleo. Las fuerzas vivas y las corporaciones formaron una larga lista. La obra fue encargada al escultor italiano Ettore Ximenes e inaugurada el 20 de junio de 1903 a 83 años del paso a la inmortalidad de Manuel Belgrano, en un acto de homenaje donde se colocó la urna conteniendo sus restos que habían sido exhumados el año anterior.
Asistieron altas autoridades nacionales y eclesiásticas y hubo desfile de tropas, sociedades, agrupaciones y escuelas, en medio de una multitud que cubría las calles y balcones engalanados por banderas. Por la noche una procesión de antorchas. Una medalla conmemorativa se acuñó como recordatorio. “Precursor y Fundador de la Independencia Argentina - Vencedor en Tucumán y Salta - El pueblo y el Gobierno inauguran el mausoleo a su inmortal memoria”.